Подготовка магистров в Высшей школе ведется по программе 38.04.05 Бизнес-информатика (по образовательным траекториям: "Цифровой маркетинг и электронный бизнес", "Управление данными в цифровой организации", "Цифровое здравоохранение" (совместно с ФГБУ «СЗФМИЦ имени В. А. Алмазова»), 9.04.04 Программная инженерия(профиль "Машинное обучение в управление бизнесом"), а также "Бизнес-инжиниринг" - международной образовательной программе на английском языке с возможностью получения российского и европейского дипломов). После магистратуры ВШБИ выпускает высококвалифицированных менеджеров, способных решать задачи бизнеса с помощью информационных технологий. Деятельность выпускников связана с поддержкой принятия решений для управления эффективностью бизнеса, организацией работы с информационными системами на всех этапах их жизненного цикла, архитектурой бизнес-процессов, реорганизацией и оптимизацией бизнеса.
Васпирантуре и докторантуре ВШБИ осуществляется подготовка научных и научно-педагогических кадров по специальности 08.00.13 Математические и инструментальные методы экономики. В результате обучения аспиранты и докторанты владеют фундаментальными знаниями в сфере экономики, разбираются в области прикладной математики с глубоким знанием процессов, происходящих в социально-экономической сфере, обладают универсальными, общепрофессиональными и профессиональными компетенциями исследователя и преподавателя и являются полностью подготовленными к защите научно-квалификационной работы (диссертации) на соискание ученых степеней кандидата или доктора экономических наук в действующих диссертационных советах.